Para desconectar dispositivos "de forma segura", deberíamos detenerlos antes.
Para ello suele aparecer un icono en el área de notificación de Windows que se llama "quitar hardware de forma segura" o "quitar hardware con seguridad".
Si este icono no apareciese por algún motivo, o si simplemente quieres crear un acceso directo a él, el comando a ejecutar es el siguiente:
RunDll32.exe shell32.dll,Control_RunDLL hotplug.dll
Fuente: http://www.genbeta.com/windows/truco-crea-acceso-directo-a-quitar-hardware-con-seguridad-en-windows